Pengelola sampah di TPST ini sempat mengalami beberapa kali pergantian seperti saat awal beroperasi,TPST Piyungan dikelola oleh Pemerintah Daerah (Pemda) Daerah Istimewah Yogyakarta dan mengalami pergantian pengelola sejak Tahun 2000 karena diserahkan pada Sekretariat Bersama (Sekber) Kartamantul yaitu lembaga bersama pemerintah Kota Yogyakarta,Kabupten Sleman dan Kabupaten Bantul yang landasi oleh keputusan Gubernur No.18 Tahun 2000.